​تا اینکه در سال ۱۵۳۵م به عمر ۴۹ سالگی در هند وفات یافت و بعد طبق وصیت خودش جسد او را به کابل نقل داده و در همین جا دفن کرده است. چون مرور زمان بنای مختصری را که نواده او نوردین محمد جهانگیر در سال ۱۶۰۷م بر فراز قبرش بنا نهاد در هم شکسته و خراب کرده بود و هذا در سال ۱۹۳۳م به امر اعلیا حضرت محمد نادر شاه شهید امارت جدیدی بر مدفن وی اعمال شد و صحن مدفن با سنگ های قیمتی رخام کار شده است که با سنگ لاجورد مرصع کاری گردیده و یک بنایی که مناسب نام و بزرگی آن مرد پودان شاه گردید در حدود ده متر پایانتر از آرامگاه بابر شاه مسجدی بنا یافته که با مهارت و اسنادی تمام اعمال شده مظهر لیاقت و قابلیت معماران و نمونه کمال معماری آن نسل است،  این مسجد کاملاًاً از سنگ مرمر بنا یافته است از لوح سنگی که بر آن نسب است معلوم می شود که مسجد مذکور را شاه جهان نواده باقر شاه نزده سال بعد از جلوس خود بر تخت سلطنت در سال ۱۶۴۶م به مناسبت فتح بلخ و بدخشان تعمیر کرده است ولی از آنجا که برخی شکستگی ها در مسجد مذکور بیش گردیده اخیراً امارت قدیم این مسجد تخریب و سر از نو بنای آن آغاز شده که هنوز کار آن جاریست درین نزدیکی ها در باغ باریک حوض بزرگ آب بازی احداث شده است که هنگام تابستان اهالی کابل به آنجا رجوع، و درشناوری ازدحام می باشد لهذا باغ بابر شاه علاوه بر مزایای طبیعی و موقعیت دلاویز خود از حیث اهمیت تاریخی نیز جالب توجه است و در فهرست دفتر سیاحین مملکت ما موقع خاصی را اشغال نموده است. (قاموس جغرافیای افغانستان)